Le Programme Bois Energie 2000-2006 de l'ADEME a permis de développer cette filière en moyenne de 40 000 tep/an de contribution supplémentaire. La loi POPE (Plan d'Orientation pour la Politique Energétique) donne un objectif d'augmentation de la contribution des énergies renouvelables thermiques de 50 % en 2010. Le contrat d'objectifs passé entre l'ADEME et l'Etat pour la période 2007-2010 fixe un objectif de 80 000 tep supplémentaires de bois en 2010, soit une consommation supplémentaire cumulée de 290 000 tep de bois sur la période 2007-2010.

Pour ce faire, les avancées en matière de structuration du secteur, en particulier sur la mobilisation de la ressource (en cohérence avec les appels d'offres lancés dans le cadre de la Programmation Pluriannuelle des Investissements), ainsi qu'un meilleur ciblage des aides ADEME vers les projets les plus performants, tant du point de vue énergétique qu'environnemental (pollution atmosphérique), doivent permettre d'augmenter la production additionnelle annuelle de chaleur bois énergie.

En région Franche-Comté, ce sont environ 400 chaufferies collectives installées à fin 2008, pour une puissance thermique de plus de 150 MW, avec une consommation de bois déchiqueté de 100 000 tonnes environ.
Ces projets se répartissent dans les différents secteurs de la société : collectivités et établissements publics (HLM), habitat collectif privé et secteur industriel et agricole.
Ces installations représentent une consommation de bois réparties entre 60 % de plaquettes forestières, 30 % de granulés et 10 % de produits connexes de l'industrie du bois.

La mise en place de circuits de distribution cohérents du point de vue énergétique participe également à l'efficacité énergétique de cette filière. Une attention particulière est portée sur le bon usage de cette ressource locale renouvelable, puisque les aides financières sont conditionnées à la qualité thermique des bâtiments, en adéquation avec les réglementations thermiques existantes et à venir.